La fédéralisation de l’EPFL en 1969 incarne une ambition ancienne de créer un écosystème favorable à l’innovation dans le canton de Vaud. D’autant plus qu’elle se fait parallèlement au déménagement de l’Université de Lausanne sur le site voisin de Dorigny pour former le plus grand campus de Suisse.
Les trois premiers présidents de l'établissement (Maurice Cosandey, Bernard Vittoz et Jean-Claude Badoux) multiplient ensuite les initiatives destinées à favoriser à la fois la recherche scientifique de pointe (notamment la construction d’un Tokamak, prototype de réacteur de fusion thermonucléaire contrôlée ou la mise en place d’un centre de calcul permettant des simulations sur superordinateur), mais aussi ses applications transférables à l’économie (salles blanches pour la microélectronique, Parc scientifique ou Fondation pour l’innovation technologique (FIT) pour l’accueil ou le soutien financier aux sociétés à caractère innovant).
Au cours de la période 1995-2015, plusieurs personnalités romandes vont accélérer cette stratégie. D’abord, Jean-Claude Badoux négocie avec Bernard Fulpius (recteur de l’Université de Genève) et Eric Jornod (recteur de l’UNIL) un projet, dit triangulaire, qui fait passer (entre autres) la physique et la chimie de l’UNIL à l’EPFL. Soutenu par le secrétaire d’État à la recherche Charles Kleiber, la conseillère fédérale Ruth Dreifuss et le président du Conseil des EPF Francis Waldvogel, ce projet qui se concrétise à partir de 2001 avec le soutien des autorités vaudoises ouvre une période de forte croissance au cours de laquelle l’EPFL triple de taille.
Les mêmes personnes ont alors choisi de confier la présidence de l’école à Patrick Aebischer à partir de 2000. Cet «axe romand» (perdurant au travers du remplacement de Ruth Dreifuss par Pascal Couchepin) va faciliter des projets structurants pour l’écosystème. En particulier, la création de la Faculté des sciences de la vie à l’EPFL ouvre un nouveau champ d’innovation à l’ingénierie dans des medtechs qui sont l’un des fleurons de l’économie vaudoise.